En 1978, le Béninois Albert Tévoédjrè, alors directeur adjoint du Bureau international du travail, publie un ouvrage intitulé « La Pauvreté, richesse des peuples ». Ce livre lui vaut d’être invité en 1984 comme intervenant à l’Assemblée mondiale d’Emmaüs à Namur, où il découvre le Mouvement et en perçoit la pertinence pour les sociétés africaines. Plus tard en 1988, il rencontre à Genève Véronique Gnanih, béninoise qui termine une formation universitaire sur les questions d’environnement.

Elle prépare son retour au Bénin et souhaite démarrer une activité de traitement des ordures ménagères. Il lui parle du Mouvement Emmaüs et ensemble, l’idée d’organiser une rencontre entre diverses associations locales déjà en relations de partenariat avec des groupes Emmaüs européens émerge. Elle se concrétise fin 1989 par l’organisation de la première rencontre interafricaine à Porto Novo au Bénin et ils créent le premier groupe Emmaüs au Bénin, le second d’Afrique dans les années 1990. 

A cette même période, la volonté du comité exécutif d’Emmaüs International est sans ambiguïté : faire émerger des groupes Emmaüs qui soient, tous à la fois, authentiquement africains et placés sur un pied d’égalité avec les autres membres du mouvement à travers le monde. A la suite deux autres rencontres ont été organisées au Burkina Faso et au Cameroun en 1991 et 1993, qui généreront l’adhésion de certaines associations à Emmaüs International et la création d’autres. 

En 2002, le Mouvement réalise la nécessité d’élargir le nombre de ses membres en Afrique. Ainsi, de nouvelles organisations locales deviennent membres dans les années qui suivent.